Практически полностью изменились залы искусства Узбекистана и России начала ХХв., частично – отдел каракалпакского народно-прикладного и изобразительного искусства. Экспозиция дополнена сотнями произведений, вывезенных из снесенного старого здания, а также из фондов. В основе экспозиции – метод сплошной развески, использовавшийся И.В.Савицким в старом здании музея. Некоторые полотна А. Волкова, Н.Карахана, В.Уфимцева, А.Глаголевой-Ульяновой, И.Захарова, А. Шевченко, Р.Фалька экспонируются впервые.